FADCANIC formula su plan de acción basándose en las necesidades de la realidad económico-social y medio/ambiental de las Regiones Autónomas del Caribe de Nicaragua y en las oportunidades que el contexto nacional e internacional ofrece para incidir cualitativamente en su mejoramiento. Cada 5 años se formula una estrategia institucional en la que se identifican los programas y proyectos a implementar durante el período. Los programas actualmente en ejecución son:

v    Empoderamiento y Defensa de los Derechos Autonómicos: Contribuye a fortalecer las estructuras organizacionales en el nivel local, municipal y regional para mejorar las capacidades de autogestión, motivando la movilización en defensa de los derechos, rescatando la participación activa de la mujer y la juventud.

v    Programa de Protección y Aprovechamiento de los Recursos Naturales: Busca un balance en la relación de aprovechamiento entre la  población, el medio ambiente y sus recursos naturales como garantía de la sostenibilidad económica a toda escala y la participación efectiva en la planeación del sector.

v    Programa de Emergencia y Prevención de Riesgos Naturales: El objetivo es el de fortalecer las capacidades de las Regiones Autónomas para responder oportuna, efectiva y eficientemente a la vulnerabilidad causadas por las emergencias naturales, disminuyendo los riesgos de contaminación, propagación de enfermedades infecto-contagiosas y muertes.